Madrasah Aliyah Salafiyah Kerek adalah Madrasah Aliyah pertama di kecamatan Kerek. Madrasah ini didirikan oleh Yayasan Perguruan Islam dan Umum Nailun Najah (YAPIUNN) pada tahun 1990. Pada saat itu yang menjadi ketua Yayasan adalah Alm. Bpk. Suherman, SH. yang juga menjabat sebagai Kepala Desa Margomulyo dan sekretarisnya (alm.) Bpk. Tasripin Alhoeda (Sekdes Margomulyo).
Dalam menjalankan operasionalnya, yang menjabat sebagai kepala madrasah pertama adalah Bpk. Drs. N. Achid Fadlullah dan dibantu oleh (alm.) Drs. H. Tarsiman.
Pada awal-awal berdirinya, MA Salafiyah Margomulyo Kerek menempati gedung milik MTs Salafiyah Margomulyo dan melaksanakan KBM pada sore hari (pukul 13.00 sampai 17.30 WIB).
Karena perkembangannya yang pesat, mulai tahun pelajaran 2011/2012 MA Salafiyah Margomulyo Kerek menempati gedung baru di Jl. Raya Kerek-Tuban (depan Telkom) Desa Margomulyo Kec. Kerek dan melaksakan KBM pada pagi hari, pukul 07.00 sampai 14.00 WIB.